为推动滁州市食品加工产业升级、促进科技创新和区域经济发展，服务创新型省份建设，根据滁州市总体规划，滁州市人民政府、合肥工业大学、滁州学院共建“滁州市食品加工研究院”。

滁州市食品加工研究院按照“市校共建”的建设原则设立，是从事新产品开发、科技攻关、人才培养的教学科研机构，挂靠滁州学院，办公地点设在滁州学院生物与食品工程学院，同时，是滁州学院创建高水平应用型本科院校的重要组成部分。

滁州市食品加工研究院以提升科研创新能力和水平、培养高层次应用型人才为目标，依托滁州学院的科教优势，秉承为企业服务、为农业服务、为社会服务的宗旨，结合区域特色，打造"示范效应"；突出产学研结合，努力发挥桥梁纽带作用，形成"集聚效应"，为省内外食品专家与滁州农产品加工企业提供交流平台。在与国际食品行业前沿动态接轨，与区域发展战略接轨的基础上，汇聚和造就一流食品专业人才、培育和转化一流食品科技成果、催生和布局一流食品产业！

滁州市食品加工研究院建设以来，已经与国际知名企业与大学等建立了良好的合作关系，初步形成集产品开发、技术咨询、人才培养和检验检测为一体的食品产业综合性研发机构。在管理运行中，形成了“333创新发展工作思路”，“三个战略”即坚持校企联合战略，坚持资源共享战略，坚持应用导向战略； “三个创新”即联合模式创新，服务领域创新，核心技术创新；“三个功能”即筑巣引凤功能，服务功能，研发功能。目前，已经建成一个省级“特色农产品深加工与质量控制工程实践中心”，1个国家级大学生校外实践教育基地“滁州学院—安徽尚善生物科技有限公司工程实践教育中心”。另外与安徽达诺乳业有限公司、安徽-嘉吉动物蛋白公司等10多家企业达成合作协议。